Nachdem der Medienforscher Lutz Hachmeister die Tätigkeit ehemaliger SS-Offiziere als Spiegel-Redakteure und Serienautoren für den frühen Spiegel belegen konnte, so zum Beispiel die Autorenschaft des Kriminalrates und SS-Hauptsturmführers Bernhard Wehner für die am 29. September 1949 startende 30-teilige Spiegel-Serie "Das Spiel ist aus – Arthur Nebe", geriet das Magazin 2006 verstärkt in die Kritik, weil es seine eigene NS-belastete Vergangenheit nicht ausreichend reflektiert habe.
So bemängelte die Süddeutsche Zeitung in einem ganzseitigen Beitrag ebenso wie das medienpolitische ver.di-Magazin M, dass die Rolle des ehemaligen Pressechefs im NS-Außenministerium und SS-Obersturmbannführers Paul Karl Schmidt alias Nachkriegsbestsellerautor Paul Carell als Serienautor des Magazins marginalisiert und die Tatsache, dass die SS-Hauptsturmführer Georg Wolff und Horst Mahnke in den 1950er Jahren zu leitenden Redakteuren avancierten, von dem sonst NS-kritischen Magazin ausgeblendet worden sei.
Erst 2014 wurde bekannt, dass auch der langjährige Chef vom Dienst des Spiegel Johannes Matthiesen als ehemaliger SS-Untersturmführer sowie der Redakteur Kurt Blauhorn als früherer NS-Propagandist einschlägig vorbelastet waren. Schon im Jahr 2000 hatte die Neue Zürcher Zeitung Augstein vorgeworfen, ehemaligen Nationalsozialisten bewusst die Möglichkeit gegeben zu haben, wieder gesellschaftsfähig zu werden.
Zudem soll Augstein im Falle des Reichstagsbrandes mit dazu beigetragen haben, die kontroverse Alleintäterthese als allein gültig darzustellen. 2011 behauptete Peter-Ferdinand Koch, Rudolf Augstein sei mit den ehemaligen SS-Offizieren eine bewusste Kooperation eingegangen: "Eine ‚beschönigende Vergangenheitsbewältigung' und die ‚öffentliche Rehabilitierung' ausgewählter SS-Größen seien dabei laut Koch der Preis dafür gewesen, von der ‚verschworenen Himmler-Garde' den Stoff zu bekommen, mit dem sich Auflage machen ließ."
Ab 1942 war Rudolf Augstein im Kriegsdienst als Kanonier und Funker, u. a. im russischen Woronesch Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wurde er als Artilleriebeobachter zum Leutnant der Reserve befördert. Er wurde während seiner Dienstzeit mit dem Eisernen Kreuz und dem silbernen Verwundetenabzeichen ausgezeichnet.1952 kam es wegen eines Artikels über Herbert Blankenhorn zur bundesweiten Beschlagnahme der (bereits ausgelieferten) "Spiegel"-Ausgabe 28/1952. 2007 wurde bekannt, dass Augstein in diesem Zusammenhang in den 1950ern den Staatsrechtler Carl Schmitt, der aufgrund seines Einsatzes für den Nationalsozialismus als "Kronjurist des Dritten Reiches" bezeichnet wurde, um juristischen Rat für eine Verfassungsbeschwerde ersuchte und auch eine Zeit lang eine Korrespondenz mit ihm unterhielt. Das Verfahren endete im September 1955 mit einem Vergleich.
In einem Artikel erklärte er: "Erich Kuby hat mich kürzlich einen Nationalisten genannt, und das bin ich auch. […] Lieber allerdings lasse ich mich als Patrioten bezeichnen, diesen Begriff habe ich in aller Subtilität vor 40 Jahren von Carlo Schmid geerbt." In einem Kommentar Anfang 1990 forderte Augstein: "Bitte keinen Friedensvertrag!" und begründete dies mit der Befürchtung, dass in den Verhandlungen Reparationszahlungen gefordert werden würden und diese wiederum zu nationalistischen Protesten führten: "Wir fürchten die unendliche Dauer der Konferenz, die zu einem Friedensvertrag hinführen soll. De facto würde sie ja dazu dienen, uns allein – ohne Italien, Japan, Österreich, Ungarn und Rumänien – auf die Anklagebank zu setzen, und zwar so lange, bis wir den von allen Seiten gewünschten Geldpressungen zustimmen würden. Was fürchten wir? Die nationalistischen Aufwallungen in unserem Parteiensystem, gegen die wir so machtlos wären wie etablierte Nationen auch. "